Позволяет предсказать развитие у людей аутоиммунных заболеваний, которые часто возникают из-за того, что иммунитет «путает» опасные патогены со здоровыми клетками организма из-за их сходств в эпитопах — частях белковых молекул, распознаваемых иммунной системой.

Alignmentaj отличается простым и понятным интерфейсом. Пользователю требуется лишь указать интересующие его участки (последовательности аминокислот) в текстовом формате FASTA. Программа покажет, в каких белках присутствуют такие цепочки.

С помощью Alignmentaj патофизиологи и иммунологи получат возможность прогнозировать, после каких инфекций и в каких органах у пациентов могут проявляться аутоиммунные воспаления. Разработчикам вакцин программа позволит быстро и легко проверять безопасность белков, из которых они планируют изготовить новый препарат. Также сервис будет полезен при проведении медицинских научных и клинических исследований, проектов в сфере молекулярной биологии и биоинформатики.